Biospeleologija je proučavanje organizama koji žive u pećinama. Životinje koje stalno žive u pećinama i koje su ograničene na pećine i ne mogu da žive izvan životne sredine nazivaju se troglobionti. Troglokene životinje ulaze u pećinu da izbjegnu predatore ili toplo sunce u ljeto. Životinje koja koristi pećinu za jedan dio svog života se zovu troglofili . Pećine imaju stabilna okruženja. Temperatura varira od oko 3° C, uglavnom između 7˚ C – 10° C. Eliminacija fotosintetske aktivnosti, visoka relativna vlažnost i niske stope isparavanja stvaraju stabilno okruženje pećine. Za neke vrste stabilno okruženje, kao što je pećina je neophodno.
Stanovnici pećina
Trogloksene životinje
Trogloksene životinje se još nazivaju i gosti u pećini. To su životinjske vrste koje žive u blizini pećina, ili na samom ulazu u pećine, ali ne mogu isključivo da žive u pećinama. Ova grupa se sastoji od postojećih životinja kao što su rakuni, pacovi i medvjedi, i izumrlih kao što su pećinski medvjedi, pećinski lavovi, pećinski leopardi i pećinske hijene. Kombinovane indikacije geologa i arheologa su pokazale da su te životinje nastanjivale pećine u krajnjim dijelovima trećeg ledenog doba, pa sve do četvrtog i zadnjeg ledenog doba, kada iako je centralna evropa bila oslobođena ledene kape, skoro pa Arktička klima preovladavala, sa mnogo kiše. To doba je poznato kao Gornji Paleolitik. Mnogi mesojedi su se prilagođavali na ove uslove, razvijajući bolje krzno pa su sve više pribjegavali u pećinska skloništa.
Troglobionti
Troglobionti su vrste koje su ograničene na pećinski život i koji su se adaptirali samo na život u pećinama. Ribama, salamanderima, insektima, paucima se smanjuju oči i u većini slučajeva će izgubiti vid, jer im ne treba u tamnim pećinama. Troglobionti imaju sjajno razvijeno čulo mirisa i dodira koja im omogućuju efikasniji život u pećinama. Izdužene antene i dlakave noge daju ovim vrstama sposobnosti koje nemaju životinje koje žive iznad zemlje. Zanimljiv aspekt života Troglobionta je mogućnost preživljavanja okolnosti od kojih bi vrste koje žive iznad zemlje izumrle. Promena uslova na Zemlji u velikoj mjeri utiče na površinska okruženja, dok vrste koje žive pod površinom imaju zaštitu od tih promjena, jer će njihova sredina vjerovatno ostati stabilna. Ove vrste bi trebale ostati zaštićene od poremećaja koji utiču na okruženja.
Troglofili
Troglofili su životinje koje vole da žive u pećinama, ali ih se može vidjeti i iznad površine. Privlače ih pećine zbog vlažnog i mračnog okruženja. Iznad površine ih se najčešće može vidjeti u istim takvim okruženjima, kao što su npr. ispod drveća, ili kamenja. Razlika između troglofila i troglobionta ogleda se u pigmentaciji i prisustvu očiju. Slijepi miševi su Troglofilne životinje i provode zimu u pećinama u stanju hibernacije. Slijepi miševi se pare u jesen i potom odlaze u stanje hibernacije. Dok su u hibernaciji oni se bude svakih 25 – 30 dana. Slijepi miševi u stanju hibernacije žive od svoje tjelesne masti. Oni mogu pojesti oko 3000 buba za jednu noć u toku svog perioda hranjenja. Ako ih se uznemirava, počnu prebrzo da gube svoju tjelesnu masnoću i odlaze van, često u svoju smrt. U proljeće se oplođuju jajašca, iz kojih se zatim u maju i junu izliježu potomci.
Hrana za stanovnike pećina
Za razliku od slijepih miševe koji žive u pećinama tokom zimskih mjeseci i koji koriste pećinu zbog hibernacije i čuvanja hrane drugi stanovnici pećine trebaju hranjive materije za opstanak. Postoje dva osnovna načina za pribavljanje hrane mnogim ekosistemima.
Strujanje
Hranljive materije mogu da se prenose putem potoka koji ulaze u pećine preko ponora i drugih otvora u pećinama. Ti otvori mogu biti intenzivan faktor kada se dese poplave i poveća vodostaj.
Filtriranje
Filtrirana voda ulazi u pećine, zatim prolazi kroz pukotine i drže hranjive sastojke u svojoj tečnosti kroz materijal iznad pećine.
Dekompresija materijala – vrste u pećini se takođe hrane od izmeta slijepih miševa, kao i leševima drugih vrsta.
Flora u pećinama
U pećinama je život nemoguć za drveće, trave, ili paprati. Fotosinteza nije proces koji se odvija u mračnim, vlažnim mjestima. Iako ne postoje biljke u dubokim pećinama, one se mogu naći na ulazu u pećine. Nakon ulaska, dolazi do postepenog smanjenja svjetlosti zbog udaljavanja od ulaza. Kako se krećete dublje u pećinu pronaćićete sve manje i manje flore. Nedostatak fotosinteze stvara nedostatak hlorofila. Odsustvo hlorofila može izazvati da vrste izgube pigmentaciju i imaju bijelu ili blijedo žutu boju. Flora koja se nalazi u dubokim pećinama je ista kao i flora koja se nalazi u drugim mjestima, samo sa manjkom svjetlosti. Ove vrste su prilagođene pećinskom okruženju kako bi se omogućio život u pećinama. Većina ovih vrsta su sorte gljivica i bakterija koje
su se prilagodile životu u pećini. Gljivice i bakterije dobijaju energiju potrebnu za život kroz životinjski izmet, uginule životinje, lišće, stabljike i grančice koje se nose putem vodotoka. U pećinama kroz koje prolaze i pripadnici ljudske vrste akumulira se veći broj takvih gljivica. Gljivice su ključne za opskrbu hrane drugim vrstama u pećinama.